El Hospital Santa Clotilde pertenece a la Provincia San Juan de Dios de España de la Orden Hospitalaria, una Institución sin ánimo de lucro perteneciente a la Iglesia Católica y dedicada a la atención sanitaria, sociosanitaria, social​, docente e investigadora a través de diversos dispositivos, entre los que se incluyen hospitales, centros de salud mental, centros para personas con discapacidad, para personas mayores y para personas en situación de vulnerabilidad y exclusión social.

La Orden Hospitalaria sostiene un modelo de atención integral centrado en la persona asistida y su entorno social y familiar, adaptado a los retos de la sociedad actual, con los objetivos de promocionar y mejorar la salud de las personas y su calidad de vida sin distinción por cuestión de género, creencias u origen, y crear una sociedad más justa y solidaria.  

En España, la Orden Hospitalaria de San Juan de Dios cuenta con una red de 80 centros sanitarios, sociales, sociosanitarios, docentes y de investigación que atienden a casi un millón y medio de personas anualmente. Está integrada por 180 Hermanos, 15.000 profesionales, casi 3.500 voluntarios y numerosos donantes y bienhechores.  

En el mundo, la Orden Hospitalaria está presente en 52 países con 405 centros y fundaciones sociales, sanitarios, docente y de investigación en el mundo, realizando más de 35.000.000 millones de atenciones al año. Esta labor es posible gracias a la implicación de 1.012 Hermanos, 65.000 profesionales y 23.500 voluntarios/as. 

Más información: www.sjd.es 

La historia del Hospital se inicia en el año 1938 después de la donación que Dª Clotilde Gallo Díaz de Bustamante, Duquesa consorte de Santa Elena, hizo a la Orden Hospitalaria de San Juan de Dios.

Pasada la Guerra Civil, en 1940 los Hermanos de San Juan de Dios llegan a Santander para hacerse cargo de la casa heredada.
Procedentes del Hospital San Rafael (Madrid) vienen a pasar el periodo estival a Santa Clotilde 20 niños. Este hecho convertirá al centro en Hospital Infantil especializado en procesos de traumatología, poliomielitis y tuberculosis ósea.

En los años 70 se pone en marcha un servicio de cirugía cardiaca y estudios hemodinámicos. De esta forma, el Hospital va desarrollándose como centro médico-quirúrgico.

Desde finales de los años 90 Santa Clotilde se perfila como Hospital de media y larga estancia, especializándose en la atención Geriátrica Integral, y manteniendo la actividad quirúrgica orientada a los procesos de listas de espera.

La actividad principal está concertada con el Servicio Cántabro de Salud, además de colaborar con Entidades Aseguradoras y pacientes del ámbito privado.

En ese proceso algunos hitos aparecen claramente marcados en el tiempo:

• La inauguración en 1999 de una nueva ampliación de las instalaciones con la entrada en funcionamiento del hospital de día.
• En 1999, tras el derrumbe de parte del edificio de Valdecilla, los hermanos de San Juan de Dios ponen los antiguos quirófanos de Santa Clotilde a disposición de la Comunidad Autónoma
• Con la transferencia sanitaria en el año 2001 se profundiza también en la línea de geriatría moderna, marcando ya un perfil estable como hospital geriátrico de media y larga estancia concertado con el Servicio Cántabro de Salud (SCS).
• Desde 2010 se siguen mejorando las instalaciones en su interior y también en el exterior del edificio.